在探讨这个问题之前，我们需要先了解以色列和日本之间复杂的历史背景以及它们各自在国际舞台上的地位。尽管这两个国家地理位置相距遥远，但它们之间的关系并非完全无关紧要。事实上，两国在经济和文化领域有着较为密切的联系。然而，当涉及到政治和安全问题时，情况可能会变得更加微妙。

以色列作为一个中东地区的小国，长期以来一直面临着严峻的安全挑战。为了保护自己免受周边敌对势力的威胁，它不得不采取强硬的防御措施，包括频繁地发动军事行动。这些行动往往引起国际社会的广泛关注和争议，尤其是那些支持巴勒斯坦事业的国家或组织。

而日本作为亚洲的一个发达国家，其外交政策通常以和平主义为基础。虽然日本有自卫队来保卫国家安全，但它在处理国际事务时倾向于通过对话和协商解决问题，而不是诉诸武力。这种差异可能是导致以色列和日本在外交上存在分歧的原因之一。

现在回到我们的核心问题：以色列的军事行动是否会对它与日本的关系造成负面影响？答案是肯定的，至少在某些情况下是这样的。例如，如果以色列的军事行动造成了大规模的人员伤亡或者破坏了重要的民用基础设施，这很可能会引发全球范围内的谴责，包括来自日本的批评声音。在这种情况下，两国之间的外交关系可能会受到影响，甚至可能出现降级的情况。

此外，随着全球范围内反战情绪的高涨和对人权问题的日益重视，任何使用武力解决冲突的行为都会受到更严格的审查和监督。对于像日本这样注重自身形象和国际声誉的国家来说，与被指责为“侵略者”的一方保持过于亲密的关系可能会被视为一种道德风险。因此，即使是在没有直接影响到日本利益的情况下，以色列的军事行动也可能给两国的交往带来困扰。

当然，这并不意味着以色列和日本之间永远不会有良好的合作关系。实际上，双方在一些非敏感领域的合作还是比较积极的。比如说，在科技研发、教育交流等方面，两国都有着共同的合作项目和协议。但是，在这些合作的背后，仍然存在着对于如何看待和使用武力的根本分歧。

总结而言，以色列的军事行动确实有可能对其与日本的外交关系产生负面影响。不过，具体的影响程度取决于多种因素，包括但不限于行动本身的性质、国际舆论的风向、以及两国政府在特定时刻的政策取向等。无论如何，维持和发展健康稳定的双边关系仍然是双方共同的愿望和努力方向。